Description

Cette UE correspond essentiellement à une formation pratique. Elle vise à permettre aux étudiants de seconde année de master de travailler sur des données réelles en étant initiés aux outils utilisés en recherche. L’étudiant choisira selon ses attentes entre un projet de bioinformatique, et un projet de biologie structurale.

-Pour la biologie structurale, cet enseignement prendra la forme d’un projet en binôme permettant aux étudiants d’acquérir une formation pratique aux trois techniques de détermination de structures  (cristallographie, microscopie et RMN) à partir de cas réels aussi proches que possible des méthodes utilisées en laboratoire une construction de structures 3D à partir des données cristallographiques (carte de densité électronique) ou de contraintes de RMN et manipulation d'images en microscopie.

- Pour la partie bioinformatique, il s’agira de prendre en charge de manière semi-autonome un projet sur la base d’une problématique biologique définie en concertation avec le tuteur. Le projet englobera des aspects de gestion et manipulation de données à haut débit et impliquera des développements et un travail collaboratif. Il mobilisera un ensemble de connaissances et compétences (biologique, informatique et bioinformatique) acquises jusque-là par les étudiants et permettra une valorisation de ces acquis à travers une expérience pratique. L’organisation du travail et la planification de la réalisation sera à la charge du groupe. Un soin particulier sera apporté aux développements à réaliser, dans le respect des bonnes pratiques de programmation. Une part importante du projet sera dédiée à l’analyse des données biologiques, à la représentation, la visualisation et enfin à l’interprétation des résultats. 
Après une présentation des projets et des attendus (en biologie structurale ou en bioinformatique), les étudiants s’organiseront en binômes (environ 8 groupes). Chaque groupe sera accompagné au travers d’un suivi personnalisé tout au long du projet.

Compétences requises

Intégralité des connaissances, compétences et savoirs-faire acquis au cours des trois premiers semestres du parcours BBS.

Compétences visées

Pour les projets de biologie structurale : Savoir utiliser les outils de construction et d'analyse des structures 3D pour la cristallographie et la RMN. Avoir une expérience pratique d'analyse d'image de microscopie électronique d'un complexe macromoléculaire pour la CryoEM. Etre capable d'avoir un regard critique sur une structure 3D.

Pour les projets de bioinformatique : savoir respecter un cahier des charges, savoir mener à bien un projet bioinformatique collaboratif, être capable de développer des programmes pour analyser des données massives, être capables d’analyser de manière critique des données omiques  

Disciplines

• Biochimie et biologie moléculaire
• Informatique

Contacts

Responsable(s) de l'enseignement

• Vincent Cura

Responsable(s) de l'enseignement

• Odile Lecompte

Responsable(s) de l'enseignement

• Mikhail Eltsov

Autres contacts

Friedrich Anne : anne.friedrich@unistra.fr