Description

Le but de cette UE est de faire découvrir et utiliser les outils et les bonnes pratiques de mise en oeuvre d’un projet en informatique en général et en analyse de données biologiques  en particulier. Les cours magistraux aborderont les notions suivantes :
- les langages de programmation (objet, fonctionnel, muti-paradigme,...)
- les bonnes pratiques de structuration du code informatique (packages, librairies, commentaires,...)
- les différents types de projets informatiques (applicatifs et librairies) 
- les environnements intégrés de développements (IDEs)
- les outils de documentations du code (documentation utilisateur et développeur (APIs))
- les outils de gestion et d’automatisation de projets 
- le travail collaboratif et les outils de gestion de versions du code
- connecter son projet avec des programmes existants (virtualisation, conteneurs)
- les outils de déploiement d’un applicatif
- Introduction aux conventions utilisées pour les images numériques
- Principes fondamentaux du traitement d’images dans Python avec OpenCV
- Traitement d’images en biologie structurale (manipulation des ensembles et types de données)

Chaque étudiant-e aura la possibilité de rejoindre une des deux thématiques (bioinformatique ou structurale) proposées pour les TP et le projet afin de mettre en application les notions enseignées. Dans les deux cas, ils-elles seront amenés à utiliser GitHub. Depuis le type de langage de programmation jusqu’à l’outil permettant le déploiement de son applicatif, cette UE devra permettre à chaque étudiant-e de réaliser les choix les plus adaptés au projet qu’il souhaite mettre en oeuvre.

Compétences requises

Avoir des notions de base en programmation.

Compétences visées

- Etre capable de mener un projet de programmation collaboratif
- Etre capable d’appliquer les bonnes pratiques dans le cadre de développement informatique

Disciplines

• Informatique

Contacts

Responsable(s) de l'enseignement

• Fabrice Jossinet