Déterminations de structures : des mesures expérimentales aux modèles atomiques
Master Sciences du vivantParcours Bioinformatique et bioimagerie structurale (BBS)
Description
Aquisition d’une bonne connaissance des concepts et des stratégies utilisées par les 3 méthodes principales de détermination des structures 3D en biologie: Microscopie électronique. Cristallographie des rayons X sur des monocristaux, Résonance magnétique nucléaire en solution.
Cristallographie des rayons X sur des monocristaux.
Bases théoriques de la diffraction des rayons X. Collecte et traitement des données de diffraction, phasage. Interprétation des cartes de densité électronique, constructions et validations des modèles.
RMN: Principes de base des expériences RMN. Mouvements moléculaires et relaxation.
Spectroscopie triple-résonance multidimensionnelle
Cryo-microscopie électronique :
Comparaison d'images, fonction de corrélation croisée, alignement d'images et moyennage.
Classification d'images sans référence, analyse en composantes principales et réduction de la dimensionnalité, valeurs propres et vecteurs propres.
Référence initiale et affinement itératif de la structure.
Avancées actuelles des logiciels pour la reconstruction de particules uniques.
Bases de données et archivage pour cryoEM.
Compétences requises
Les étudiant-e-s doivent avoir suivi l'UE de M1S1 "Introduction aux méthodes de biologie structurale".
Compétences visées
Pour un problème biologique donné, proposer une stratégie, intégrant si nécessaire différentes approches.
Comprendre les principes théoriques et savoir utiliser les outils de construction et d'analyse des structures 3D. En Cryo-EM : maîtriser les étapes pratiques pour reconstruire les complexes macromoléculaires en utilisant l'approche de l'analyse de la particule unique.
Etre capable d'avoir un regard critique sur une structure 3D.
Disciplines
- Biochimie et biologie moléculaire
- Biophysique et imagerie médicale
