Description

Cette unité d'enseignement a pour objectif de:
 - familiariser les étudiants avec l’environnement Linux et la gestion d’un espace de travail et des données à travers un terminal 
 - les initier aux bases de l’algorithmique ainsi qu’à la programmation en langage Python.
Les notions suivantes seront abordées en cours:
- environnement linux et ses commandes de base
- principes de base de l’algorithmique
- syntaxe du langage Python et librairies
- manipulation de variable de type booléen, entier, réel, chaine de caractères
- manipulation de listes et tableaux
- les structures de contrôle (tests, boucles, ...)
Les TD se dérouleront en salle de ressources informatiques et permettront aux étudiants de mettre en œuvre les concepts présentés en cours, dans le cadre d’un environnement linux. Un temps sera consacré à l'appropriation de l’espace de travail, avant de réaliser des ensembles et combinaisons de commandes basiques. Des analyses de textes/séquences seront ensuite proposées et demanderont le déploiement de petits algorithmes, permettant de mettre en pratique, dans le langage Python, des connaissances acquises en cours. 
Enfin, les TP permettront aux étudiants de se concentrer sur une problématique plus élaborée et de mettre en application de manière concertée l’ensemble des notions qu’ils auront abordées en cours et en TD.

Compétences visées

A l'issue de cet enseignement, les étudiants sauront :
 - combiner des commandes simples sur un terminal
 - écrire des programmes simples en Python
 - utiliser l’environnement de programmation Jupyter
 - concevoir des algorithmes simples (boucle, condition, exception) 
 - déployer des workflows d’analyse

Disciplines

• Biochimie et biologie moléculaire
• Informatique

Contacts

Responsable(s) de l'enseignement

• Anne Friedrich