Description

Cette unité d'enseignement vise à consolider les connaissances des étudiants relatives au domaine de la génomique, à développer une bonne connaissance globale de l’infosphère relative à ce domaine et à être en mesure de porter un regard critique sur les données manipulées via divers outils en ligne.
La disponibilité et la qualité des génomes seront discutées avant d'introduire le principe de l’annotation de ces séquences et les liens entre qualité des génomes assemblés et qualité de leurs annotations.
Les principales banques de données biologiques seront décrites en termes de contenu, de format et de qualité des données et les principaux systèmes d'interrogation de ces banques seront présentés.
Les méthodes de comparaison de deux séquences biologiques seront détaillées, ainsi que le principe de la recherche de similarité dans les banques de séquences. 
La partie théorique sera complétée par une semaine de travaux pratiques sur ordinateur, qui permettra la manipulation de la plupart des outils et concepts abordés en cours, à travers l'utilisation de sites web. Un accent particulier sera mis sur l'analyse et l'interprétation des résultats obtenus.

Compétences requises

Maîtriser le vocabulaire de base de la génomique.
Connaître la structure et le contenu des génomes eucaryotes et procaryotes. 
Connaître les stratégies de séquençage de génome complet.

Compétences visées

Avoir une bonne connaissance globale de l’infosphère biologique et savoir porter un regard critique sur les données manipulées.
Avoir de bonnes notions d’annotation et de qualité d'annotation des séquences biologiques et savoir annoter certains éléments génétiques sur un génome. 
Connaître les principales banques de séquences biologiques et savoir les interroger de manière pertinente.
Connaître et être capable d’utiliser des outils de base de manipulation et de comparaison de séquences.
Savoir réaliser des recherches de similarité pertinentes et être à même d’interpréter les résultats obtenus.

Disciplines

• Biochimie et biologie moléculaire

Contacts

Responsable(s) de l'enseignement

• Anne Friedrich