Description

L’UE Biochimie expérimentale a pour but de faire acquérir les compétences pratiques nécessaires à la conduction des expériences de biochimie et de biologie moléculaire dans le contexte du laboratoire : gestion du temps, compréhension, planification et préparation des expériences, sensibilisation à la sécurité et aux bonnes pratiques de laboratoire. Elle vise également à former à l’interprétation des résultats expérimentaux obtenus. L’accent sera mis sur l’exploitation des données expérimentales et la manière de les représenter pour en faire ressortir les informations pertinentes, exploitables et en tirer les conclusions appropriées. Ceci inclura le choix et l’utilisation des représentations graphiques. Les travaux dirigés permettront la préparation des TPs et l’exploitation effective et plus approfondie des résultats et leur évaluation. Le cours magistral représente 14h, les TD 4h et les TP 25h (1 semaine, 5 après-midi).

Compétences requises

Le cours de biochimie de L1 et L2 doivent être acquis.

Compétences visées

Maitriser des techniques de PCR, de transcription in vitro, de mise en évidence de complexes par retard sur gel et de dosage d’activité enzymatique
Comprendre les principes biochimiques sous-jacents
Savoir mettre en application les connaissances lors de manipulations pratiques
Comprendre et appliquer un protocole expérimental
Savoir mettre en forme, analyser et présenter les résultats expérimentaux obtenus

Disciplines

• Biochimie et biologie moléculaire

Informations complémentaires

Le cours aborde les prérequis nécessaires à la compréhension du TP et sont surtout des rappels de l’UE MBBM du 1er semestre. Il concernera les ADN et ARN polymérases et leur fonctionnement: rappels sur la transcription et le fonctionnement de l’ARN polymérase (en particulier la T7 ARN polymérase qui sera utilisée en TP), des rappels sur les promoteurs (en axant sur la T7 ARN polymérase qui sera utilisée en TP). Il présentera le principe et les outils de la transcription in vitro. Le cours rappellera aussi le fonctionnement de l’ADN polymérase et du principe de la PCR pour son utilisation en TP, la conception d’amorces spécifiques, etc. Rappels d’enzymologie: notion de catalyse, de vitesse, notion de kcat et de Km ; représentations graphiques des données (Michaelis-Menten, Lineweaver& Burke et quelques autres). Notions d’activité enzymatique, activité spécifique, et leur utilisation pour le dosage d’activités enzymatiques dans des extraits (ou pour un bilan de purification). Rappels sur la notion d’affinité (KA et KD) et présentation de techniques permettant de les mesurer (gel-shift en particulier, qui sera utilisé en TP). Les cours, polycopiés de TD sont disponibles sur Moodle. Le cours magistral pourra éventuellement être enregistré sur Moodle de sorte qu’il puisse être réécouté si besoin. Les fiches explicatives sur certaines techniques présentées en TP sont aussi déposées sur Moodle.

Contacts

Responsable(s) de l'enseignement

• Frédéric Fischer