Description

Cette unité d'enseignement vise à introduire les concepts et le vocabulaire de la génomique ainsi que quelques méthodes d'analyse globale au sens large. 
La génomique sera repositionnée dans un contexte historique et dans son contexte actuel. 
La structure et le contenu des génomes seront détaillés, avant de développer les stratégies de séquençage de génomes complets. Les étapes seront décortiquées et un effort de manipulation mentale des séquences sera réalisé, en particulier dans le cadre des travaux dirigés, pour une bonne compréhension et une meilleure appropriation de ces stratégies. 
Les techniques de séquençage et leur évolution seront évoquées, en insistant sur les caractéristiques des lectures obtenues afin de discuter les conséquences de leur utilisation sur la qualité des génomes reconstitués.
Des éléments de génomique fonctionnelle seront introduits, en s'attachant particulièrement à l'organisation du génome tant au niveau des gènes et leurs éléments régulateurs qu'au niveau de sa structure tridimensionnelle. L'expression des gènes et des notions d'épigénome seront abordées, ainsi que les méthodes d'études associées.  

Compétences requises

Connaître les propriétés biochimiques des macromolécules biologiques et connaître les approches permettant de les déterminer.
Comprendre la relation structure/fonction inhérente aux macromolécules biologiques (protéines et acides nucléiques).

Compétences visées

Savoir décrire la structure et le contenu des génomes eucaryotes et procaryotes. 
Savoir manipuler et représenter des séquences d’ADN double-brin (fragmentation, clonage, conception d’amorce, assemblage etc) 
Connaître la stratégie de séquençage aléatoire globale des génomes et comprendre le lien entre les technologies de séquençage utilisées dans ce cadre et la qualité des assemblages.
Connaître des stratégies permettant de détecter la variabilité génomique entre individus. 
Connaître le principe de l’expression des gènes et des méthodes d'analyse globale des génomes et de leur expression.

Disciplines

• Biochimie et biologie moléculaire

Contacts

Responsable(s) de l'enseignement

• Anne Friedrich

Autres contacts

NGONDO Patryk : patryk.ngondo@ibmp-cnrs.unistra.fr