Description

Le phénotype d’un individu résulte de la combinaison de facteurs génétiques tels que les génotypes, les gènes eux-mêmes et leur contexte génomique et, de l'impact de facteurs environnementaux. Ces quatre niveaux sont appréhendés par l’étude de la structure des génomes, du polymorphisme et de l’expression des gènes. Cet enseignement se propose d'aborder un ensemble de concepts, de méthodes et de techniques permettant la description et l’analyse des génomes, en particulier des végétaux (nucléaire, chloroplastique et mitochondrial) tant dans leur organisation que dans leur expression. Les effets de leurs variations, depuis la séquence jusqu’au phénotype de la plante, sont développés.
Contenu détaillé : (1) organisation structurale des génomes de plantes et analyse de génomes séquencés ; (2) identification et agencement des différents éléments constituants un génome et leurs influences sur l’expression des gènes et le phénotype de l’individu ; (3) Analyse de l’expression et de la régulation des gènes avec et sans a priori. Une emphase particuli!ère sera donnée aux techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS), notamment de transcriptomiques et d'épigénétiques. En TD, le cours sera illustré par la réalisation d'analyse de jeux de données réels de séquençage à haut-débit à l’aide de méthodes de bio-informatiques de pointe ; (4) Interactions entre gènes d'une même voie biologique : modulation de l'expression phénotypique en fonction des allèles, les QTL et impact de l'environnement. En pratique, les étudiants aurons à construire une carte génétique et positionner des locus gouvernant des traits qualitatifs et quantitatifs ; 

Compétences requises

Connaissances de niveau Licence en biologie moléculaire, en génétique moléculaire et régulation de l'expression des gènes. Notions de base de calcul de probabilité et de biostatistiques. 

Compétences visées

A. Intégrer des savoirs hautement spécialisés pour justifier un projet scientifique
A1. Confronter ses connaissances aux données de la littérature scientifique dans le champ disciplinaire
A2. Utiliser les outils numériques de recherche d’information dans un cadre défini
A3. Synthétiser des données sur un thème scientifique imposé à partir d’un nombre limité de documents scientifiques 
A4. Poser une question scientifique sur un thème imposé à partir d’un nombre limité de documents et en intégrant ses savoirs
A5. Choisir à partir de ses connaissances et de la littérature des approches expérimentales pour répondre à une question dans un cadre défini
A6. Analyser, interpréter et confronter des données issues d’expérimentations avec maîtrise des démarches et outils, et en proposant des perspectives dans un cadre défini

B. Développer un projet scientifique dans un contexte préexistant 
B1. Proposer une démarche expérimentale permettant la résolution d’un problème sur un thème imposé 
B3. Exécuter un protocole préexistant et analyser, en vérifiant leur fiabilité, des données provenant d’expérimentations cadrées 

Disciplines

• Biochimie et biologie moléculaire
• Cancérologie, génétique, hématologie, immunologie
• Informatique

Informations complémentaires

Cette UE s'articule en aval avec l'UE Amélioration Génétique des Plantes (M1S2) des parcours PBMB et PMBV.

Contacts

Responsable(s) de l'enseignement

• Julie Kubina

Autres contacts

BLEVINS Todd
CRIQUI Marie-Claire
DUCHENE Eric
JULLIEN Pauline
MICHEL Fabrice
RUSTENHOLZ Camille