Description

Objectifs de l’UE :
Cette Unité d’Enseignement vise à fournir aux étudiants une compréhension approfondie de l’organisation et de l’expression des génomes des plantes, en intégrant les avancées récentes en séquençage et édition du génome. Les aspects théoriques seront illustrés par des études de cas et des travaux dirigés pour une approche appliquée et interactive.

Contenu de l’UE :
L’UE « Génome des Plantes » aborde la complexité des génomes végétaux, en explorant à la fois leur organisation, leur expression et les outils actuels permettant leur étude et leur modification. Elle s’ouvre sur l’étude du génome nucléaire, abordant son organisation en trois dimensions, le rôle des éléments transposables et l’hérédité épigénétique via l’action des petits ARN. L’expression génétique nucléaire est également revue, avec une attention particulière portée sur les ARN polymérases des plantes, leurs promoteurs et aux mécanismes spécifiques de régulation des ARNm. 
L’accent est ensuite mis sur la structure et l’organisation des génomes mitochondriaux et chloroplastiques, ainsi que sur leurs mécanismes d’ expression et leurs spécificités fonctionnelles. Cette partie est illustrée par une analyse critique d’un article scientifique, donnant lieu à des présentations en groupe. 
L’UE se poursuit avec l’édition des génomes, un domaine en pleine expansion. Les étudiants sont initiés aux technologies de pointe (Zinc Finger Nucleases, TALEN et CRISPR/Cas9), avant d’appliquer ces concepts à travers des études de cas. 
Enfin, le séquençage est abordé à travers un panorama des technologies disponibles, des premières méthodes (Sanger) aux approches plus récentes (Illumina, Nanopore et PacBio). Cette séquence se conclut par une mise en pratique autour de l’analyse de données de RNA-Seq appliquées aux génomes chloroplastiques et mitochondriaux.

Compétences requises

Connaissances de niveau Licence en biologie cellulaire et moléculaire, biochimie, génétique moléculaire et régulation de l'expression des gènes, avec un intérêt particulier pour la génomique végétale. 

Compétences visées

Compréhension approfondie de la structure et de l’expression des génomes végétaux ;
Maîtrise des techniques modernes d’édition du génome et de séquençage à haut débit ;
Analyse critique d’articles scientifiques et restitution des connaissances sous forme de présentations ;
Capacité à intégrer les concepts théoriques à des problématiques expérimentales ;

Disciplines

• Biochimie et biologie moléculaire
• Cancérologie, génétique, hématologie, immunologie
• Informatique
• Biologie cellulaire

Informations complémentaires

Cette UE s'articule en aval avec l'UE Amélioration Génétique des Plantes (M1S2) des parcours PBMB et PMBV.

Contacts

Responsable(s) de l'enseignement

• Julie Kubina

Autres contacts

CRIQUI Marie-Claire (Marie-Claire.Criqui@ibmp-cnrs.unistra.fr 
CASTANDET Benoît (castandet@unistra.fr)
JULLIEN Pauline (pauline.jullien@ibmp-cnrs.unistra.fr)
BLEVINS Todd (todd.blevins@ibmp-cnrs.unistra.fr)