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Interactomes

  • Cours (CM) 8h
  • Cours intégrés (CI) -
  • Travaux dirigés (TD) 10h
  • Travaux pratiques (TP) 30h
  • Travail étudiant (TE) -

Langue de l'enseignement : Français

Description du contenu de l'enseignement

Présentation des méthodes permettant d’établir et d’étudier les réseaux d’interactions entre protéines. Les techniques de mise en évidence d'interaction protéine-protéine utilisables à haut-débit (purification par affinité, technique du double hybride…) seront présentées ainsi que la description et utilisation des banques de données d’interactome. Une introduction à la spectrométrie de masse pour la biologie sera faite. Un cas pratique de purification par affinité de complexe couplée à la spectrométrie de masse sera étudié en travaux pratiques et dirigés.

COURS
- Methodes de prédiction et de détection des IPP
- Analyse bioinformatique des interactomes
- Introduction à la spectrométrie de masse

TD
- Visualisation d'interactomes avec Cytoscape
- Planification théorique de la réalisation d'un interactome par double hybride

TP
- Purification de l’ARN polymérase de E. coli par la méthode TAP
- Identification des interactants par spectrométrie de masse

Compétences à acquérir

- Connaitre et comprendre les méthodes permettant d'établir un interactome
- Maitriser les outils de visualisation des interactomes
- Extraire et adapter un protocole expérimental
- Suivre un protocole expérimental complexe
- Analyser et interpréter des résultats expérimentaux

Bibliographie, lectures recommandées

- Deciphering protein-protein interactions. Part I. Experimental techniques and databases (2007) PLOS Computational Biology 3(3), e42 - Deciphering protein-protein interactions. Part II. Computational methods to predict protein and domain interaction partners (2007) PLOS Computational Biology 3(4), e43
- Protein-protein interactions essentials: key concepts to building and analyzing interactome networks (2010) PLOS Computational Biology 6(6), e10000807

Contact

Faculté des sciences de la vie

28 RUE GOETHE
67083 STRASBOURG
0368851810

Responsable

Luc Bonnefond


MASTER - Sciences du vivant

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