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Constructions et manipulation 3D des informations structurales

  • Cours (CM) 10h
  • Cours intégrés (CI) -
  • Travaux dirigés (TD) 14h
  • Travaux pratiques (TP) 32h
  • Travail étudiant (TE) -

Langue de l'enseignement : Français

Description du contenu de l'enseignement

Constructions pratiques de structures 3D à partir des données cristallographiques (carte de densité électronique), de contraintes RMN et manipulation d'images en microscopie.

Cristallographie RX: d'une carte de densité électronique à une structure validée.

RMN : Modélisation de structures de protéines à partir des contraintes,modélisation de complexes.

Microscopie électronique. Préparation pour les TP en traitement d’image : reprise des étapes de la détermination de structure en microscopie électronique (prétraitement et traitement d’image jusqu’à la reconstruction 3D). Travaux pratiques sur des données d’images de cryo microscopie électroniques ; principe de la transformé de Fourier ; sélection de particules, correction de la fonction de transfert de contraste, centrage / alignements, attribution angulaire, reconstruction 3D ab initio, affinement de structure, interprétation.
 

Compétences à acquérir

RX et RMN : savoir utiliser toutes les données structurales pour construire une structure tridimensionnelle. Savoir utiliser les outils de construction et d'analyse des structures 3D. Etre capable d'avoir un regard critique sur une structrure 3D.
Cryo-EM : Avoir une expérience pratique d'analyse d'image de microscopie électronique d'un complexe macromoléculaire. Démonstration et travaux pratiques sur les microscopes électroniques avec des vrais échantillons biologiques
Connaitre les outils utilisés pour déterminer les structures 3D à différentes échelles de résolution.
 

Bibliographie, lectures recommandées

P. Moore, Visualizing the Invisible: Imaging Techniques for the Structural Biologist.
J. Keeler, Understanding NMR Spectroscopy.

B. Rupp, Biomolecular Crystallography: Principles, Practice, and Application to Structural Biology

Pré-requis obligatoires

D3D-I et D3D-II de M1 biologie structurale intégrative et bioinformatique sont des pré-requis

Contact

Faculté des sciences de la vie

28 RUE GOETHE
67083 STRASBOURG
0368851810

Responsable

Intervenants

Bruno Klaholz


MASTER - Sciences du vivant

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